جامع براثا ببغداد هو الذي صلى فيه أمير المؤمنين عليه السلام لما رجع من قتال أهل النهروان.
وروي عن جابر بن عبدالله الانصاري أنه قال: (صلى بنا علي عليه السلام ببراثا بعد رجوعه من قتال الشراة ونحن زهاء مائة ألف رجل، فنزل نصراني من صومعته فقال: من عميد هذا الجيش؟ فقلنا: هذا، فأقبل إليه فسلم عليه فقال: يا سيدي أنت نبي؟ فقال: لا، النبي سيدي قد مات، قال: فأنت وصي نبي؟ قال: نعم، ثم قال له: اجلس كيف سألت عن هذا؟ قال: أنا بنيت هذه الصومعة من أجل هذا الموضع وهو براثا، وقرأت في الكتب المنزلة أنه لا يصلي في هذا الموضع بهذا الجمع إلا نبي أو وصي نبي وقد جئت أسلم، فأسلم وخرج معنا إلى الكوفة، فقال له علي عليه السلام: فمن صلى ههنا؟ قال: صلى عيسى بن مريم عليه السلام وأمه فقال له علي عليه السلام: أفأخبرك من صلى ههنا؟ قال: نعم، قال: الخليل عليه السلام )
وجامع براثا واقع في محلّة براثا طرف بغداد في قبلة الكرخ وجنوبي باب محوّل، وكانت براثا قبل بناء بغداد قرية، مرّ بها علي بن ابي طالب عليه السلام لقتال الحروريّة الخوارج بالنهروان وصلّى في موضع من الجانب المذكور، وتعرّض هذا المسجد عدّة مرّات للهدم، لاجتماع قوم من الشيعة فيه، هدمه الراضي بالله حتّى سوّى به الارض، ثمّ أمر بجكم الماكاني أمير الأمراء ببغداد بإعادة بنائه.
كانت مدرسة الكوفة تزدهر بمختلف النشاطات العلمية عندما كانت بغداد عاصمة الخلافة ، ولمّا دبّ الضعف في السلطة العباسية وصارت السلطة بيد البويهيين تنفّس علماء الشيعة في أكثر مناطق العراق ، فأُسّست مدرسة رابعة للشيعة في العاصمة أنجبت شخصيات مرموقة تفتخر بها الإنسانية نظير : الشيخ المفيد (336 ـ 413هـ ) تلك الشخصــية الفـذّة الـذي اعترف المؤالف والمخالف بعلمه ، وذكائه ، وزهده ، وتقواه ، وكان شيخ أساتذة الكلام في عصره الذي شهد قمة الجدل الفكري والعقائدي بين المدارس الفكرية المختلفة ، وكان ـ رحمه الله ـ عظيم الشأن رفيع المنزلة ، له كرسي للتدريس في جامع براثا في بغداد ، يقصده العلماء والعوام للاستزادة من علمه ، وله أكثر من (200) مصنّف في مختلف العلوم .
السيد المرتضى علم الهدى (355 ـ 436هـ ) ، قــال عنـه الثعالبي في يتيمته (1 : 53) قد انتهت الرئاسة اليوم ببغداد إلى المرتضى في المجد والشرف والعلم والأدب والفضل والكرم .
وروى جابر بن عبدالله الانصاري انه قال: صلى بنا علي عليه السلام ببراثا بعد رجوعه من قتال الشراة ونحن زهاء مائه ألف رجل فنزل نصراني من صومعته فقال: أين عميد هذا الجيش؟ فقلنا: هذا فأقبل اليه فسلم عليه ثم قال: يا سيدي انت نبي؟ فقال: لا النبي سيدي قد مات قال: فأنت وصي نبي؟ فقال: نعم ثم قال: اجلس كيف سألت عن هذا؟ قال: إنما بنيت هذه الصومعة من أجل هذا الموضع وهو براثا وقرأت في الكتب المنزلة انه لا يصلي في هذا الموضع بذا الجمع إلا نبي أو وصي نبي وقد جئت ان اسلم فاسلم فخرج معنا إلى الكوفة فقال له علي عليه السلام: فمن صلى هاهنا؟ قال: صلى عيسى بن مريم وامه فقال له علي عليه السلام: أفأ فيدك من صلى هاهنا؟ قال: نعم قال: الخليل عليه السلام.
وعن محمد بن علي بن الحسين بإسناده عن جابر بن عبدالله الأنصاري أنه قال : صلى بنا علي ( عليه السلام ) ببراثا بعد رجوعه من قتال الشراة ونحن زهاء عن مائة ألف رجل فنزل نصراني من صومعته فقال : من عميد هذا الجيش ؟ فقلنا : هذا ، فأقبل إليه فسلم عليه ثم قال : يا سيدي ، أنت نبي ؟ فقال : لا ، النبي سيدي قد مات ، قال : فأنت وصي نبي ؟ قال : نعم ، ثم قال له : اجلس ، كيف سألت عن هذا ، قال : أنا بنيت هذه الصومعة من أجل هذا الموضع وهو براثا وقرأت في الكتب المنزلة : انه لا يصلي في هذا الموضع بهذا الجمع إلا نبي أو وصي نبي ، وقد جئت أسلم فأسلم وخرج معنا إلى الكوفة ، فقال له علي ( عليه السلام ) : فمن صلى هيهنا ؟ قال : صلى عيسى بن مريم وأمه ، فقال له علي ( عليه السلام ) : فأخبرك من صلى ها هنا ؟ قال : نعم ، قال : الخليل ( عليه السلام ).
وأشرف المساجد المسجد الحرام والصلاة فيه بمائة ألف، ثم مسجد النبي ، والصلاة فيه بعشرة آلاف، وفي كل من المسجد الأقصى في الشام ومسجد الكوفة بألف، وفي مسجد الجامع بمائة، وفي مسجد القبيلة بخمس وعشرين، وفي مسجد السوق باثنتي عشرة، ومن المساجد المحثوث على الصلاة فيها جامع براثا ببغداد، ومسجد المباهلة ، ومسجد الفتح ، ومسجد قبا وهذه في المدينة، وفي المنزل واحدة.
وكان الشيعة يقيمون صلاة الجمعة حتى أواسط القرن الخامس الهجري ، وخاصة في جامع براثا في بغداد .